История регулярного судоходства на Лене начинается с конца XIX века. Пристани в Якутске находились в разное время на разных местах, известна пристань на Зелёном лугу возле лабаза "Кружало". 25 сентября 1900 года считается датой образования стационарной речной пристани в Якутске для обслуживания рейсов почтово-пассажирского пароходства купца Николая Глотова. Интересные факты публикует ИА YakutiaMedia.
Интересные факты:
- 1917—1930 гг. — на участке "Гольминка" была расположена контора-избушка.
- 1930—1939 гг. — построены контора, 5 складов площадью 2117 м², грузовые площадки — 1519 м². Все сооружения пристани были сделаны из карбасных плашек. На участке "Даркылах" (7 км ниже Гольминки) построены 4 склада площадью 1605 м².
- 1940—1953 гг. — пристань имела 8 причалов протяжённостью 660 м на естественном берегу. Погрузо-разгрузочные работы производились кранами "Старый Бурлак", транспортёрами и вручную. Для ремонтных работ на Гольминке построены мастерские, состоящие из механического, столярного и кузнечного цехов.
- 1953—1957 гг. — в состав Якутской пристани переданы Якутские судоремонтные мастерские, Якутская пристань Северо-Якутского пароходства и "Лензолотофлота", Якутский эксплуатационный участок Управления малых рек при Совете Министров ЯАССР, Якутский узел связи и типография Ленского пароходства.
- Для постройки порта в 1960 году протока Городская была перегорожена оградительной дамбой, после чего в ней исчезло течение, и изпротоки она превратилась в два не сообщающихся друг с другом залива Лены.
- В 1970-х годах протоку перекрыли глухой дамбой, что защитило от ледоходов порт, лежащий ниже по течению.
- В 1994 году Якутский речной порт вышел из состава Ленского объединённого речного пароходства, образовав ОАО "Якутский речной порт".
- В 2003 году ОАО преобразовано в Холдинговую компанию "Якутский речной порт".
- В состав порта входят Нюрбинская пристань, причалы в посёлках Нижний Бестях и Мохсоголлох.
